Основными каталогами Linux являются /root, /usr, /var и /home. Структура систем может быть разбита по-разному, в зависимости от объема дискового пространства и его распределения для необходимых целей. В файловой системе Linux все файлы группируются по их назначению (все команды находятся в одном месте, файлы данных - в другом, документация - в третьем и т.д.).

Коpневой каталог / - обычно не содержит каких-либо файлов, хотя в нем может находится системный файл ядра (обычно /vmlinuz), загружаемый в память при старте системы. Все остальные файлы располагаются в следующих подкаталогах:

/bin - команды, требуемые при загрузке системы и используемые обычными пользователями.

/lib - библиотеки, используемые программами из файловой системы root.

/lib/modules - подгружаемые модули для ядра.

/tmp - временные файлы.

/boot - файлы, используемые начальным загрузчиком (т.е. LILO,GRUB).

/mnt - узлы монтирования для временных файловых систем.

/root - обычно находится на локальном диске, или может быть загружен в память во время запуска системы. Содержит все файлы, необходимые для загрузки и запуска системы, а также средства для восстановления повреждённых файловых систем и работы с резервными копиями.

/usr - тут находятся все команды, программы, библиотеки, страницы руководств и другие файлы, которые требуются для функционирования системы. Ни один из файлов этого каталога не должен быть изменен при обычной работе системы.

/home - личные каталоги пользователей. Расположение /home в отдельном каталоге или файловой системе упрощает резервное копирование информации. При большом объеме информации он может быть разбит на несколько отдельных файловых систем.

/etc - содержится множество различных конфигурационных файлов.

/etc/passwd - база данных пользователей, в которой содержится информация об имени пользователя, личном каталоге, зашифрованный пароль и другие данные.

/etc/fstab - список файловых систем, автоматически монтируемых во время запуска системы командой mount -a.

/etc/mtab - список смонтированных на данный момент файловых систем. Изначально устанавливается командными файлами при запуске, а затем автоматически модифицируется командой mount.

/dev - в этом каталоге находятся файлы устройств которые создаются во время установки системы, а затем с помощью файла /dev/MAKEDEV.

/usr - здесь установлены все программы. Отдельно устанавливаемые пакеты программ и другие файлы размещаются в каталоге /usr/local.

/var - различные файлы, изменяемые во время работы системы, такие как буферные каталоги (для почты, новостей и т.д.), журнальные файлы, страницы руководств, а также временные файлы.

/var/local - изменяемые данные для программ, установленных в /usr/local.

/var/log - журнальные файлы различных программ, в особенности login (/var/log/wtmp, куда записываются все подключения и выходы из системы) и syslog (/var/log/messages, где обычно хранятся все сообщения ядра и системных программ).

/var/tmp - каталог для временных файлов, размер которых достаточно велик или время существования которых больше, чем в /tmp.

/proc - является виртуальным и в действительности не существует на диске. Ядро создает его в памяти компьютера. Файловая система /proc предоставляет информацию о системе (изначально только о процессах - отсюда ее название).

/proc/cpuinfo - информация о процессоре, такая как тип процессора, его модель, производительность и дp.

/proc/devices - список драйверов устройств, встроенных в действующее ядро.

/proc/ioports - задействованные в данный момент порты ввода/вывода.

/proc/net - информация о сетевых протоколах.

/proc/stat - различные статистические сведения о работе системы.